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GNSS/ INS组合导航系统体系结构的不同主要表现在三个方面：对惯性导航参数如何校正；使用什么类型的GNSS测量；INS和组合导航算法如何辅助GNSS用户设备。根据组合结构的不同，通常将GNSS/ INS组合导航系统分类如下：
组合GNSS和INS最简单的方法是非耦合（uncoupled）系统，这里GNSS只是简单地以一定的时间间隔，重置惯性导航参数。已安装INS的飞机进行GPS改造时，常采用这种结构。严格来说，非耦合系统并不是真正意义上的组合。
松耦合（loosely coupled）GNSS/ INS组合导航系统，使用GNSS位置和速度作为组合算法的测量输入，这是位置域的组合。
紧耦合（tightly coupled）GNSS/ INS组合导航系统，使用GNSS伪距和伪距率、伪距增量或者ADR测量作为组合算法的输入，这是距离域的组合。
深耦合（deeply coupled）GNSS/ INS组合导航系统，将GNSS/ INS组合和GNSS信号跟踪合并为单个估计算法。这种组合采用GNSS相关通道中的I和Q信号作为测量，生成用于控制GNSS接收机中参考码和载波的NCO命令，这是跟踪域的组合。
超紧耦合（ultratightly coupled，UTC）这一术语通常用来描述带有GNSS跟踪环辅助的跟踪域和距离域的组合，而紧密耦合（closely coupled）这一术语用于位置域和距离域的组合。
